Nouveau coronavirus découvert en Chine, qu'est-ce que c'est et quels sont les risques

« Les merbecovirus de chauve-souris présentent un risque élevé de propagation à l'homme, à la fois par transmission directe et par l'intermédiaire d'hôtes intermédiaires » : c'est l'hypothèse qui sous-tend la découverte faite par la virologue Shi Zhengli , surnommée « Batwoman » pour ses recherches approfondies sur les coronavirus de chauve-souris, au laboratoire de Guangzhou, en collaboration avec des chercheurs de l'Académie des sciences de Guangzhou, de l'Université et de l'Institut de virologie de Wuhan. Nous parlons d’un nouveau coronavirus de chauve-souris qui peut passer de l’animal à l’humain car il utilise le même récepteur humain que le virus qui cause le Covid. Il s'appelle HKU5 et a été identifié pour la première fois chez une chauve-souris japonaise à Hong Kong : il provient du sous-genre merbecovirus, qui comprend également le virus Mers-CoV responsable du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (Mers). Mais que révèle cette découverte ? Et à quoi devons-nous nous attendre ?

Comment le Covid est passé aux humains

Bien qu’il n’y ait toujours pas de consensus sur l’origine du Covid, certaines études ont suggéré un lien initial chez les chauves-souris et qu’il serait passé à l’homme via un hôte animal intermédiaire. Dans le même temps, Shi a nié que l’institut de Wuhan puisse être responsable de la pandémie.

Cette dernière découverte met en lumière une nouvelle lignée du coronavirus HKU5 identifié pour la première fois chez la chauve-souris japonaise à Hong Kong : il provient en fait du sous-genre merbecovirus. Il est capable de se lier à l'enzyme de conversion de l'angiotensine humaine, le même récepteur utilisé par le virus Sars-CoV-2, responsable du Covid, pour infecter les cellules.

« Nous rapportons la découverte et l'isolement d'une lignée distincte (lignée 2) de HKU5-CoV, qui peut utiliser non seulement l'Ace2 de chauve-souris, mais aussi l'Ace2 humain et plusieurs orthologues d'Ace2 de mammifères (gènes trouvés dans différentes espèces avec une origine commune) », ont écrit les chercheurs dans un article publié dans la revue Cell .

Peut infecter les cellules humaines

Tout cela a mis en évidence le fait que le virus, une fois isolé à partir d’échantillons de chauve-souris, pouvait infecter des cellules humaines et des masses cellulaires ou des tissus cultivés artificiellement qui ressemblaient à des organes respiratoires ou intestinaux miniaturisés.

Début février, Cell ont publié un article rédigé par une équipe de l’Université de Washington à Seattle et de l’Université de Wuhan qui concluait que, bien que la souche HKU5 puisse se lier aux récepteurs ACE2 des chauves-souris et d’autres mammifères, aucune liaison humaine « efficace » n’était détectée. Mais l'équipe de Shi a déclaré que le HKU5-CoV-2 était mieux adapté à l'Ace2 humain que la lignée 1 du virus et « pourrait avoir une gamme d'hôtes plus large et un plus grand potentiel d'infection inter-espèces ». Pour cette raison, affirment les chercheurs, une surveillance accrue du virus est nécessaire, même si son efficacité s'est avérée « significativement inférieure » à celle du Covid, et le « risque d'émergence du (HKU5-CoV-2) dans les populations humaines ne doit pas être exagéré ».

Les chauves-souris, incubateurs idéaux du virus

Elles ne sont pas les seules à transmettre des virus aux humains, mais les chauves-souris peuvent certainement faire partie des vecteurs idéaux. C'est ce qu'a démontré, encore en février 2022, une découverte de l'Institut Pasteur à Paris et du Laos à Vientiane, publiée dans Nature. Il s’est avéré que le virus SARS-CoV-2 avait trois proches parents : ils vivent dans les chauves-souris qui peuplent les grottes du Laos et sont potentiellement capables d’infecter les humains.

« Depuis son apparition, de nombreuses espèces animales ont été étudiées pour identifier d’éventuels réservoirs animaux ou hôtes intermédiaires du virus », ont observé les chercheurs, qui, dans cet objectif, ont identifié dans des échantillons organiques de chauves-souris capturées dans certaines grottes calcaires du nord du Laos trois nouveaux coronavirus, appelés BANAL-52, -103 et -236, très proches du SarsCoV2. La similitude concernait principalement la protéine Spike, en particulier la partie de la protéine qui se lie au récepteur ACE2, qui est la principale porte d’entrée que le virus utilise pour pénétrer dans les cellules de notre corps.

Nouveaux coronavirus dans les îles britanniques

Mais aussi en juin 2023, cette fois dans les îles britanniques, la découverte de nouveaux coronavirus du même groupe que le Sars et un du Mers avait émergé. L'un des nouveaux coronavirus isolés des 48 échantillons de selles examinés lors des travaux menés par les chercheurs britanniques, une étude publiée dans Nature Communications , possédait sur son pic une protéine capable de sauter entre les espèces, et donc d'infecter les humains.

En laboratoire, les chercheurs ont cependant démontré que l'affinité entre ce composant du nouveau virus et le récepteur présent sur les cellules humaines était bien inférieure à celle typique du SARS-CoV-2, de sorte que l'agent découvert ne pouvait infecter que les tissus qui expriment l'ACE2 en quantités anormales, ce qui rendait très peu probable qu'il infecte les humains.

Une évolution continue

Cependant, le grand nombre de virus de la même famille (sarbecovirus) supposés circuler chez les chauves-souris fer à cheval (Rhinolophus hipposideros) au Royaume-Uni, en plus de ceux déjà identifiés dans le reste de l'Europe, suggère que la possibilité de mutations dangereuses existe.

En 2021, plus de 4 000 séquences génétiques de coronavirus avaient été identifiées dans le monde chez 14 familles de chauves-souris différentes, mais les experts estiment que le réservoir d'agents infectieux chez ces mammifères volants dotés d'un système immunitaire extraordinaire est bien plus grand qu'on ne pourrait l'imaginer actuellement. Parmi ceux-ci, personne ne peut exclure qu’il y en ait certains capables de provoquer une autre pandémie s’ils entrent en contact avec l’homme.

Pregliasco : « Aucun danger, mais allons au fond des choses »

« Regardons les choses de manière positive, cette découverte démontre à quel point la capacité à identifier de nouveaux variants est importante. » C'est ce qu'affirme le virologue Fabrizio Pregliasco , directeur médical de l'hôpital Galeazzi Sant'Ambrogio de Milan. Et de poursuivre : « L’importance épidémiologique de ce virus reste à découvrir, mais l’héritage de signalement et d’attention que le Covid nous a laissé est le bienvenu. « C'est important pour les institutions et pour la recherche. »

« Les zonas, ou maladies animales transmissibles à l’homme, sont l’avenir. Nous le voyons avec la grippe aviaire qui se transmet à d'autres espèces, c'est la possibilité pour le virus d'élargir sa zone de contagion - rappelle Pregliasco -. L'important est d'identifier les caractéristiques des pathogènes, de vouloir rechercher de nouvelles informations. « Il faut avoir un objectif et cette dernière recherche, par exemple, nous permet de l’identifier. »

Quant aux chauves-souris, le virologue explique : « Ce sont des mammifères qui vivent dans des contextes environnementaux proches de l’homme, et le virus est susceptible de provenir des pays asiatiques plutôt que d’Europe, car il y a plus de spécimens là-bas et il y a plus de proximité entre l’homme et l’animal ». Et il conclut : « Si nous devons craindre quelque chose ? Je dirais non. Il n’est pas certain que cette variante ait la capacité de se propager. La présence d’un pathogène similaire au coronavirus représente un nouveau signal, mais il y a une grande différence entre cela et dire que cela deviendra une pandémie.